prova a settare i driver a max 1000 step per giro, aggiorna il settaggio di mach3 di conseguenza e stai in velocità 4000 mm/min per x y e max 1500 per z, scendi le accelerazioni a 150 max e rilancia un gcode che ti ha creato problemi, dopo li confronti e vediamo.
come ti dicevo sopra credo che almeno il movimento di z sia esageratamente sovradimensionato, e sarebbe utile conoscere la curva dei motori.
non per ultimo sapere che pc e controller hai potrebbe ulteriormente chiarire la situazione, con i micropassi e le velocità che hai settato i treni di impulsi step devono essere maledettamente veloci, e perderne qualcuno per la via è un attimo.