Resta pero' il fatto che in un caso i cerchi non sono concentrici e nell'altro invece si.
Non e' impossibile che il problema sia nel controllo. Io partirei dalla versione del codice che va bene aggiungendo o togliendo, uno alla volta, tutti i comandi che mancano per renderlo esattamente identico al programma che invece non va. Importante fare le modifiche una alla volta per identificare con certezza quale e' il codice (se e' una questione di codice...) che e' responsabile del problema. Inoltre posterei il tutto sui forum di mach4 e contatterei anche il loro supporto.
Sarei pero' curioso di vedere il codice che ha disegnato il quadrato interno con lato storto. giusto per capire se il lato storto era l'ultimo oppure il primo ad essere lavorato.