Forse ho risolto, ho smontato le schede dal controller, i parametri di regolazione dei vari potenziometri sulle schede erano corretti.Poi ho notato che una delle tre schede era aveva un codice differente che indicava una versione differente. In pratica 2 schede erano V 2 ( V penso sia per versione), una invece è V 3.2. probabilmente quando ho acquistato in kit cnc non avevano 3 schede uguali come da catalogo. La scheda diversa era montata sull' asse Y che appunto era quello che creava problemi.
Ora ho sostituito la scheda Y con la scheda Z. In pratica gli assi X e Y hanno una scheda uguale mentre Z ha la V3.2.
Facendo andare la fresatrice a vuoto sembra tutto ok, nessuna vibbrazione motori.
Speriamo bene.