Ciao,
direi che prima di tutto ti serve un CAD per disegnare i circuiti..
KiCad è free è funziona bene, lo puoi scaricare qui:
http://kicad-pcb.org
Poi ti serve un CAM per generare il G-Code partendo dal circuito disegnato sul CAD e più precisamente da una esportazione in Gerber.
Puoi usare FlatCam che è sempre Free e funziona discretamente:
http://flatcam.org
Generato il G-Code lo devi dare in pasto al software che ti hanno dato con la fresa (Mach-3 o similare) a questo punto messa la basetta sulla macchina la fresi come un normale pezzo.
Alcune accortezze:
1) fresati una base in legno su cui attaccare (scotch biadesivo va bene) la basetta per essere sicuro che sia sempre alla stessa distanza dalla fresa
2) compra delle frese a V tipo queste
http://www.ebay.com/itm/10PCS-Carbide-P ... 0508.m3226
Attensione che il cordolo (shank) sia compatibile con la tua morsa per punte che hai sull'utensile
Se cerchi in Internet con PCB Milling trovi parecchia documentazione.
Ciao e buon lavoro