Entrambi sono nati per pilotare stampanti e il loro ambiente nativo è l'ufficio.
Non per nulla parliamo di ambienti hobbistici.
Il problema con le USB, spesso, è che la gente ne abusa. Cavi troppo lunghi e/o economici, a volte pure con le prolunghe nel mezzo.
Ma io non mi fiderei neanche di un cavo parallelo troppo lungo.
Tieni conto però che l'interfaccia parallela ha una concezione molto vecchia mentre la USB continua ad evolversi.
Il discorso più sensato, secondo me, è quello della latenza (limitato alle vecchie USB 2.0) e al fatto che LinuxCnc controlla lui stesso la macchina. Non penso che abbia senso una soluzione grbl-like in cui LinuxCnc manda il g-code.
Però potrebbe aver senso, come dicevo prima, una soluzione tipo FR1000 in cui tu dici, via usb, alla scheda, la frequenza degli impulsi e rileggi quanti impulsi sono stati emessi. Il problema qui, sarebbe trovare un micro con USB3.0 oppure accontentarsi della latenza di 125 microsecondi della USB2.0.