Il trafilato di ferro non va bene: uno perchè si deforma (lo hai sperimentato!), secondo perchè ha un coefficinete di atrito molto più alto della ghisa e terzo perchè non ha la durezza della ghisa.
Ho capito poco sulle misurazioni che stai facendo ma, per mettere in geometria la macchina utensile, per prima cosa ti servono una riga ed una squadra di precisione, oltre al comparatore o tastatore che hai già.
La seconda imprecisione che mi pare di aver colto, consiste nel fatto che, facendo ruotare il tastatore montato sul mandrino e tastando la tavola, stai tarando la perpendicolarità della testa; NON dell'asse Z.
La verifica della perpendicolarità dell'asse Z infatti (come tutti gli assi) si verifica muovendo l'asse stesso in Z+ e in Z-, mentre si tasta una squadra (possibilmente di precisione) appoggiata alla tavola.
Ovviamente tale misura va effettuata con la squadra lungo X e poi con la squadra lungo Y. Ovvero la perpendicolartà si definisce nel piano ZX e nel piano ZY.
Ultima considerazione: le geometrie macchina si verificano partendo dal basamento a salire fino alla Z...
Le verifiche di perpendicolarità di Z (prima l'asse e dopo la testa) sono le ultime da eseguire. Nel caso della tua macchine, se vedo bene, la giusta sequenza sarebbe: Y, X, Z.
Di tutti gli assi va verificata la linearità e l'ortogonalità tra loro: linearità Y, linearità X, linearità Z.
Poi ortogonalità XY, ortogonalità ZY e poi ZY; infine ortogonalità testa.sul piano XY (tavola)
Ultimo suggerimento, viste le dimensioni della macchina, il lardone della tavola va registrato in modo che, con asse centrato, tirando a mano l'estremità della tavola, ci siano un paio di centesimi di gioco. Gli altri assi anche un filino meno...
Buon lavoro!