Vermillion, si, è come dici, solo la riga ti dice dove sei posizionato effettivamente, l'encoder rotativo no.
Se il disallineamento è di 5 centesimi penso che sia accettabile certo ce se tutta la corsa diventano 15-20 allora è meglio usare la vite centrale così il pezzo è sbagliato su tutta la sua lunghezza e non solo su un lato.........

, spendi, ammattisci, ti incaxi lo butti via e vai da un professionista

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Però facciamo un esempio pratico sennò ci spaventiamo da soli

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Immaginiamo di fresare un rettangolo con X=1000 e immaginiamo che i due assi siano disallineati per 5 centesimi (errore vite sulla lunghezza).
Penso (questo lo immagino io ma potrebbe non essere giusto) che possono accadere 2 cose:
a)Ci troviamo un trapezio con un lato da 999,95 e uno da 1000 (se l'asse si disallinea in prossimità dell'angolo) .
opp
b)Ci troviamo un parallelogramma con 2 lati da 1000 ma con 4 angoli non perfettamente a 90 gradi.
Ci sono un' altra serie di situazioni che possono accadere ma eviterei di complicarci la teoria ( stiamo solo ragionando, nella pratica con macchine amatoriali il centesimo è raggiungibile solo per combinazione casuale

) .
Ora
Caso a) Penso che nella maggior parte della applicazioni 5 centesimi siano un'inezia quindi non mi precoccuperei.
Caso b) Chiediamo a Zebrauno il calcolo dei gradi degli angoli risultanti per avere un'idea sulla dimensione dell'errore e di quanto ci dobbiamo preoccupare

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Se i pezzi sono di dimensioni molto piccole, oppure su una serie di forature per spinatura forse 5 centesimi possono incidere ma in quel caso bisogna necessariamente rivolgersi a qualcuno che possiede una macchina per questi livelli di precisione e gli strumenti per misurare gli errori.