Ok cominciano le spiegazioni.
Premesso che non conosco Arduino e non ho idea di che programma usi per comandarlo occorre separare la parte hardware dalla software.
Generalmente il problema deriva dall'elettronica quindi come prima prova spegni il mandrino e vedi se il problema rimane.
Se persiste comincia a smatassare il groviglio di fili che avrai fatto mescolando segnali con potenza (speriamo che tu abbia usato fili schermati per i motori).
Se persiste occorre iniziare a separare i vari pezzi che compongono l'assieme elettrico e cercare di capire se il problema si manifesta quando un determinato componente è alimentato.
Direi che hai da divertirti per qualche ora. Poi con le risposte che darai ci sarà qualche mago di arduino che ti potrà aiutare meglio. Ma credo che il problema non sia Arduino.
Non sono un genio ma voglio farvi credere che lo sono .........