Da quanto ho modo di capire io:
La versione di VB inclusa in Mach3 è un prodotto commerciale, licenziato, prodotto da un terzo (non Microsoft, ma è poco importante). Mentre Lua è un prodotto opensource che non costa nulla.
Integrare molti linguaggi di scripting in modo agevole nella stessa applicazione è tipicamente appannaggio di ambienti managed come .Net (con la DLR) o Java, mentre Mach4 a detta degli autori è ancora una "normale" applicazione C/C++. Sotto questo aspetto ogni linguaggio di scripting ha una sua API e di sicuro non mi vorrei trovare a scrivere una applicazione C/C++ scriptabile a queste condizioni.
Tra i linguaggi di scripting da integrare in altre applicazioni Lua ha sicuramente un grosso successo, specie in ambito gaming, ma non solo: il mio solutore FEM è scriptabile in Lua. Python non è da meno, e per restare tra i solutori FEM impossibile non citare Abaqus (ora Simulia). Ma integrare Lua è più semplice che non integrare Python.
Per me ben venga Lua (e wxLua) !